Présentation au Tuto@Mate Quarto avec Rstudio
77ème tuto et 101 Copil
Titre court : Quarto avec RStudio
Sous-titre : Utilisez Quarto dans RStudio pour créer et publier vos présentations, rapports d’analyse, kits pédagogiques et même vos recettes de cuisine !
Résumé
Quarto est un système de publication open-source qui permet de créer des documents computationnels sous différents formats (tels que : .pptx, .docx, .pdf ou encore .html).
Il permet à la fois de :
- Collaborer et communiquer sur les méthodes, codes et résultats d’une analyse avec les personnes impliquées dans un projet de recherche
- Faciliter la compréhension des traitements de données, les répliquer et en améliorer la reproductibilité
- Préparer des supports de cours/formation dynamiques
- Publier des résultats ou des ressources
Quarto permet de créer des documents en reprenant les codes de la rédaction en markdown (Voir le tuto@Mate “Markdown pour les SHS” réalisé par Daphné Matelier en février 2023) et d’exploiter différents langages de programmation (R, Python, Julia ou Observable).
Lors de ce tuto nous vous montrerons comment utiliser Quarto dans RStudio pour créer un support de présentation (diaporama), une documentation dynamique contenant du texte mis en forme, une mise en page enrichie et les résultats de blocs de code R. Nous verrons aussi comment générer, toujours avec Quarto, un site regroupant ces éléments et le publier sur une forge.
Pré requis : Afin de reproduire les exemples de ce tuto, il vous faudra disposer d’un compte sur une forge dédiée de type GitLab Huma-Num pour héberger le code source et les documents générés.
Bénédicte Garnier est ingénieure statisticienne au service Méthodes de Traitement des Données de l’Ined. Elle accompagne notamment les chercheur·e·s et ingénieur·e·s dans la mise en place de pratiques favorisant la réplicabilité des analyses et le travail collaboratif.
Solenne Roux est ingénieure en production, traitement et analyse de données au LabPsy (UR4139 - Université de Bordeaux). Elle participe à la diffusion des pratiques favorisant la reproductibilité des productions scientifique en SHS au sein de son unité et au-delà.